行政院國家科學委員會

【卓越計畫】

教育部-「大學學術追求卓越發展計畫網站」

清華大學-下一世代資訊通訊網路尖端技術及應用

台灣大學-迎向生物科技發展之新紀元

陽明大學-人腦探索計劃:從基因到認知研究

陽明大學-邁向21世紀以基因體為基礎的生物醫學研究

清華大學-以結構為基礎的循理性藥物發展

中山大學-南台灣神經科學卓越研究中心之建立

台灣大學-宇宙學與粒子天文物理學

台灣大學-尖端材料的基礎科學研究

清華大學-新型分子及奈米薄膜材料之研究計劃

成功大學-同位素地質動力學

交通大學-建構兆位元紀元的光電科技

中央大學-建構兆位元紀元的光電科技

交通大學-前瞻性電信科技發展計劃

台灣大學-前瞻性電信科技發展計劃

台灣大學-東亞民主化與價值變遷:比較調查研究計劃

台灣大學-華人本土心理學研究追求卓越計劃

台灣大學-東亞近世儒學中的經典詮釋傳統之研究

中央大學-學習科技--主動社會學習及其應用-從台灣到全世界